Covid-19 : des kits de RT-PCR spécifiques pour détecter les nouveaux variants

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Publié le 26/01/2021

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Ecouvillon oropharyngé utilisé préalablement à un test de RT-PCR.
Crédit photo : SPL/PHANIE

C’était une mesure attendue depuis l’arrivée en France des nouveaux clones du SARS-CoV-2 : le déploiement de tests de RT-PCR capables de déceler ces variantes. De tels kits de criblage détectant « une ou plusieurs variantes connues à ce jour et a minima la variante [anglaise] VOC 202012/01 » sont utilisables depuis le samedi 23 janvier 2021. Et ce « sur l’ensemble du territoire », a annoncé la DGS en fin de semaine dernière.

Ces kits ne doivent cependant pas être utilisés d’emblée sur tous les prélèvements. Le recours à ces tests ne doit se faire que dans un second temps, « sur la base d’un premier test RT-PCR positif », recommande la DGS. En fait, tous les prélèvements testés positifs au SARS-CoV-2 en RT-PCR devraient à présent subir une nouvelle analyse par ces kits spécifiques, l’autorité sanitaire ayant demandé aux laboratoires de biologie médicale de « conserver les prélèvements ayant donné lieu à une RT-PCR » classique afin de les envoyer « sans délai » aux plateformes disposant des nouveaux dispositifs en cas de résultat positif.

Les tests antigéniques pas concernés

« Cette stratégie de double analyse ne concerne pas les tests antigéniques », prévient cependant la DGS. Mais afin qu’aucun cas de contamination par un nouveau clone ne passe entre les mailles du filet, l’autorité de santé conseille tout de même d’inviter les personnes ayant un résultat positif à un test antigénique particulièrement à risque d’infection par un de ces variants (de retour de voyage ou issues d’un cluster ou d’une zone d’augmentation anormale de l’incidence du virus) à réaliser un test RT-PCR.

Un séquençage non systématique

En outre, tout résultat positif à ces nouveaux tests ne nécessitera « pas systématiquement une confirmation par séquençage », précise la DGS. En fait, les prélèvements qui continueront à être orientés en priorité vers un séquençage seront d’abord ceux réalisés sur des voyageurs et n’ayant pas pu « faire l’objet d’un deuxième test RT-PCR réalisé avec un kit criblant les variantes ». Les prélèvements issus de sujets contaminés au sein de clusters ou de régions marquées par une hausse anormale de l’incidence du covid seront aussi « orientés vers les laboratoires liés au réseau CNR-ANRS » pour séquençage, indique la DGS.

Quoi qu’il en soit, tout résultat positif à un test de RT-PCR classique devra continuer de déclencher des mesures de contact tracing et d’isolement de façon immédiate, sans attendre le résultat de la seconde analyse. Si celle-ci s’avérait ensuite positive, elle déclencherait alors « des actions de contact-tracing renforcées autour du cas par l’ARS et l’Assurance Maladie », souligne la DGS.